清净寺创建于北宋年间，然后公元1309年由伊朗艾哈默德重修, 寺是仿照叙利亚大马士革伊斯兰教礼拜堂的形式建筑的。

现在的清净寺是一片废墟，但是高耸的阿拉伯式门楼轮廓依在。现存主要建筑有大门楼、奉天坛和明伴游网善堂。它是阿拉伯穆斯林在中国创建的现存最古老的伊斯兰教寺。

大门楼的外观是传统的阿拉伯伊斯兰教建筑风格。寺门后西侧为奉天坛，又称礼拜殿，是原穆斯林礼拜的地方。坛的屋盖于明代年间倒塌，现在仅存四围的石墙。西墙正中有一法拱形的高大璧龛，龛内刻有古阿拉伯文的《古兰经》经句，保存完好。拜坛两侧有6个尖拱宝盖状石龛，均浮雕着阿拉伯文。

“明善堂”在奉天坛的北面，是现在讲经的地方。“明善堂”屡修屡塌，现存建筑是近代改建的，是一座东西两落中国式的砖木结构建筑。据说，堂前那个精雕的宋代出水莲花香炉，原在“奉天坛”，后来“奉天坛”不能避风雨，教徒们改在“明善堂”做礼拜，这香炉也跟着移到了“明善堂”。

清净寺是我国与阿拉伯各国人民友好往来和文化交流的历史见证，也是泉州海外交通的重要史迹。这里可以算是泉州的象征，代表着泉州的历史，所以到泉州不妨来看一下。