乃琼寺位于拉萨西郊哲蚌寺旁边，藏语中“乃”即“地方”的意思，而“琼”是“小”的意思，乃琼寺的意思就是哲蚌寺下的一个“小地方”。事实上，乃琼寺是西藏著名的佛教高等学府，每年考中格西学位的喇嘛多出于此，至今仍是西藏的佛学院。

乃琼寺位于哲蚌寺旁的小村落内，小小的院落，院内整洁肃穆。乃琼寺大殿及四廊的壁画色彩浓重，内容几乎都跟护法和降魔、地狱与苦难相关。因传说公元八世纪莲花生大师将凶恶的乃琼多吉札丹降伏，使其成为藏传佛教的护法神。因此乃琼寺里有西藏最神奇的巫师，既法力无边的乃琼神汉，同时也保存着一种原始的宗教仪式：降神。

乃琼寺大殿及四廊的壁画色彩浓重辉煌，和其他寺庙不同，颇值得一看。乃琼寺壁画是古格王朝壁画、商务伴游网白居寺壁画之外的又一经典古典壁画杰作，绘于17世纪中叶。壁画主要描绘了白哈尔和他的化身及其伴神，还描绘了众生因前世恶业而在地狱受罚的场景。乃琼寺壁画吸收了汉族文化、印度、尼泊尔、克什米尔等地文化的元素，是不可多得的艺术珍宝。