亳州博物馆距离亳州火车站很近，始建于1958年。亳州当地不少古迹出土的文物都收藏在博物馆内，很多游客可能对亳州并不了解，而亳州博物馆正是了解亳州历史和现在的好去处。

亳州博物馆外形仿汉代建筑，门口竖着商汤、曹操、华佗等和亳州相关的名人雕像。进入博物馆，里面有两层，二层为临时展厅，一层为主展馆。一般游客参观的都是一层主题为《穿越五千年——亳州文化寻源》的常规展览，展品按照史前文明到近现代的时间顺序排列。

序厅就是个大厅，有一大块“亳”字的甲骨文模型。馆内的涡河文明展厅，讲的是亳州的母亲河涡河流域发现的史前文明。商汤都亳展厅，介绍的是商朝创建者汤王在亳州建都。道源圣地展厅，介绍的是老子、庄子、陈抟老祖都是亳州人。由于这些历史过于遥远，展现的实物都是一些瓶瓶罐罐、石头碎片、质朴的玉件，还有亳州当地景点汤王陵、下属蒙城县庄子祠等出土的文物，都比较朴素。

汉魏风骨展厅，值得一看，“典藏精品”都在这。亳州是曹操的故乡，这个展厅主要展出曹操家族墓出土的文物。有银缕玉衣，和田玉做的汉八刀玉猪，和近现代俄罗斯猪模样接近的铜猪，一对长宽1厘米、高不到3厘米却刻着纤细文字的玉刚卯等价值连城的文物。

天下望州展厅，介绍亳州地处交通要道，唐代为“十望州”私人伴游之一。第六展厅——亳商市井，介绍亳州在北宋至明清商贸繁华。展出的瓷器上有了鲜艳的色彩，铜镜都很精美，金器有镂空的花纹，第六展厅还布置了一小段明清老街，两侧都是商铺，一般游客可能会觉得唐宋开始展厅及陈列的物品挺好看的。

近代当代亳州展厅，介绍亳州近代抗日战争历史，陈列当时的纸币、身份证等，还有亳州当地的剪纸、曲艺、亳州人华佗发明的五禽戏等传统文化，以及现代亳州知名的产业古井酒、中药材、汽车工业和采煤业。