侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于原日军大屠杀遗址之一的万人坑，是一处以史料文物、建筑、雕塑、影视等综合手法，全面展示“南京大屠杀”惨案的专史陈列馆。

广场陈列
展馆分为广场陈列、史料陈列、遗骨陈列三个部分。广场陈列有记录大屠杀时间的十字架形标志碑、刻着遇难者名字的“哭墙”、记载大屠杀史实的浮雕、大型石雕母亲像、“万人坑”遗址等。

史料陈列厅
在平顶半地下墓室形的史料陈列厅内，有《人类的浩劫——侵华日军南京大屠杀史实展》、《胜利1945》等展览，展出的史料包括当年日军屠杀现场照片、如《拉贝日记》等记录大屠杀的文献及报道、免费伴游网幸存者名册及证词、大屠杀时日军使用的军用品、犯下罪行的日军官兵日记及供词等。展厅中设有数个影视厅，用于播放有关南京大屠杀和抗战题材的纪录片、影视片。

遗骨陈列室
而在棺椁状的遗骨陈列室中，可以看到从“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨，这是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。

尾厅
来到尾厅还有“12秒”，每隔12秒一滴水就从高空落下，侧面墙上贴有遇难者遗像的灯就一闪而灭，象征着一个生命的消亡。